El castillo en el Cielo

Repentinamente la nave es atacada por piratas dirigidos por la capitana Dola que, al igual que el gobierno, buscan el secreto de la piedra que Sheeta lleva colgada alrededor de su cuello. En el caos que se origina, Sheeta intenta escapar por la ventana y cae del dirigible, sin embargo, su descenso es frenado por un misterioso poder dentro de la piedra.
Sheeta aterriza a salvo en un pequeño pueblo minero, donde es encontrada por un niño llamado Pazu, quien la lleva a su hogar para su mejoría; al día siguiente, Sheeta recupera el conocimiento y Pazu le cuenta acerca de una misteriosa isla flotante llamada Laputa, la cual puede apreciarse en una fotografía tomada por su fallecido padre.

Pomme les informa que el amuleto de Sheeta está hecho de cristal ‘‘volucite‘‘, un material usado para mantener a Laputa y otras antiguas ciudades flotando en el cielo, al abandonar las minas, Sheeta le dice a Pazu que tiene un nombre secreto, Lusheeta Toel Ul Laputa. Allí, ambos niños son separados; Pazu es encarcelado en una mazmorra mientras que Sheeta es encerrada en un lujoso cuarto.

Muska le muestra a Sheeta un robot inactivo que había caído de Laputa, revelando al mismo tiempo que conoce su nombre secreto y que ella desciende de la familia real laputana; la piedra de Sheeta resulta ser la llave que abrirá las puertas de la isla, creada por una antigua civilización que hace mucho tiempo desapareció del planeta.
Sin embargo, ante la negativa mostrada por Sheeta de ayudar, Muska amenaza la vida de Pazu para así obtener su cooperación. Luego de escuchar la historia de Pazu, Dola y los demás piratas se preparan para interceptar y capturar la piedra, permitiendo que Pazu se una a ellos.

A medida que avanzan los preparativos para el asalto, Sheeta recita un verso que inesperadamente activa el amuleto y el robot, quien va detrás de ella destruyendo la fortaleza. El robot es derrotado por los misiles del dirigible militar Goliat, no sin antes haber protegido a Sheeta; la nave pirata persigue al Goliat, el cual sigue el rumbo indicado por la piedra de Sheeta para localizar a Laputa. Pazu y Sheeta se separan de Dola y los piratas, pero aterrizan a salvo en la isla, donde observan la ciudad en ruinas.

Los piratas de Dola son capturados mientras que los soldados de Muska saquean los tesoros de la ciudad.
Al acceder a la esfera central de la ciudad —un vasto depósito que alberga todo el conocimiento de Laputa— Muska captura a Sheeta y sus agentes abren fuego contra Pazu, quien a duras penas escapa y se las ingenia para liberar a los piratas y a Dola.

Muska luego utiliza la piedra de Sheeta para acceder a una avanzada tecnología laputana, traicionando a sus propios soldados y destruyendo al Goliat. Sheeta trata de huir nuevamente, pero es acorralada por Muska en la sala del trono de Laputa. Habiendo sobrevivido al colapso de la isla protegidos por las gigantescas raíces de los árboles, Pazu y Sheeta se reúnen con Dola y los piratas, dejando atrás a Laputa.